Uno de los mejores y más usados antimalware de linux es el de rfxn, bueno para detectar shells aunque por ahora no me esta detectando todo, hay uno comercial que va un poco mejor, pero este cada vez mejora más:

Descargamos e instalamos:

wget http://www.rfxn.com/downloads/maldetect-current.tar.gz
tar xfz maldetect-current.tar.gz
cd maldetect-*
./install.sh

Podemos configurarlo y ejecutarlo con un cron, en la configuración podemos especificar una dirección de correo para que nos mande emails si encuentra algo.

 nano /usr/local/maldetect/conf.maldet

Uso:

maldet --scan-all /home/carpeta

Anti Malware para WHM /cPanel

Si buscan un anti malware comercial que se integre con whm uno de los mejores es el de pyxsoft:

http://www.pyxsoft.com/en/installation.html